Самое главное - это сопрячь коллектор (относится как к впускному, так и выпускному) с головкой блока циллиндров. Для этого необходимо покрасить небыстро сохнущей краской (кузбаслаком например) плоскость сопряжения головки и прислонить к ней коллектор.
Далее круглым напильником выбрать все светлые места вокруг воздушных каналов на коллекторе. Потом смыть краску с головки и коллектора и повторить процедуру наооборот (красить коллектор, точить головку). Можно ограничиться одним таким циклом, но можно и повторить еще раз для точности. Проверку точности можно выполнить, если покрасить и коллектор и головку и зажать между ними кальку. По отпечатку на просвет можно увидеть все неточности.

С прокладкой бороться сложнее. Напильником ее не доработаешь. Следует воспользоваться бормашинкой или круглым напильником, зажатым в дрели. Прокладка дорабатывается по месту. Металлические вставки в прокладку вокруг выпускных каналов трогать не стоит.

Далее - полировка. Ее имеет смысл делать при переборке двигателя. Для этого с демонтированной головки снимаются клапана, ось коромысел, сами коромысла, распредвал. После чего снимают коллектора, вынимают прокладку и снова их прикручивают.

Теперь два варианта:

Первый - берется тросик толщиной 2 - 3 мм и на него наносится слой грубой абразивной пасты (типа ГОИ) и производят поступательно-вращательные движения внутри одного из каналов (это очень долго, тяжело и скучно). Затем, визуально проверив качество грубой обработки, на тросик плотно наматывается брезент и смазывается пастой ГОИ. Процедура повторяется. Данный метод не гарантирует максимальное качествой по всей внутренней поверхности канала, но гарантирует, что самые критичные части булут обработаны.

Второй метод, мной не опробованный, но очень перспективный - это пескоструйная машина. Здесь все тоже, что и в первом методе, но вместо тросика используется струя сжатого воздуха с абразивными частицами.